工程款纠纷是指在工程建设、装修等过程中，发生了收款方与付款方之间无法达成一致的纠纷。当这种纠纷无法通过协商解决时，往往会通过法院进行诉讼。

在工程款纠纷的诉讼程序中，当法院认定存在明确的债权关系并认为有必要采取保全措施时，可以冻结被告的银行账户。

法院冻结被告的银行账户主要是为了防止被告在诉讼期间将资金转移或消耗掉。冻结银行账户的具体程序如下：

首先，债权人需要向法院提出保全申请。保全申请应包括详细的事实依据和证据材料，以及希望法院采取的措施。

其次，法院会对申请进行审查，如果法院认为申请符合相关法律规定，且确有必要采取保全措施，就会向被告送达相应的冻结通知。冻结通知要明确告知被告其银行账户将被冻结，并说明相关事由。

被告在收到冻结通知后，可以在规定的时限内向法院提出书面回应。被告对冻结通知有异议的，应当详细说明理由，并提供证据材料加以证明。

最后，法院根据双方的申请和回应，在审查后作出冻结决定。决定生效后，法院会向被告所在银行发出相应的冻结令，要求银行暂停对被告的账户进行任何资金操作，直到诉讼完毕或解除冻结为止。

需要注意的是，被告的银行账户冻结并非一定会发生，它主要取决于法院对保全申请的审查结果，以及被告是否提供了相应的异议理由和证据。因此，在工程款纠纷中，无论是债权人还是被告都应当充分准备相关的材料，并且及时寻求法律援助，以确保自己的合法权益。

总之，工程款纠纷法院会冻结被告的银行账户，这是一种常见的保全措施。只有在满足一定条件并经过法院的审查后，被告的银行账户才有可能被冻结。这种冻结的目的是确保债权人能够顺利收回自己的款项，同时也为被告提供了合理申辩的机会。