法院对有他项权证的房产进行查封，意味着该房产的所有权受到临时限制。查封是法院依法采取的一种措施，旨在保护当事人的权益和案件的正常进行。

有他项权证的房产指的是存在抵押、查封或其他担保权利的房产。这些权利证明了该房产作为借款或合同履行的担保物品，因此其自由流通与处置都受到限制。

法院可以依据相关法律规定，对有他项权证的房产进行查封。一般来说，当申请人向法院提起诉讼并能提供充分证明，证明自己对被诉房产有合法的请求权，并且被诉房产具有确权价值时，法院会对该房产进行查封。

查封的具体程序是：法院根据申请人的请求，裁定对被诉房产进行查封，并将查封通知送达给房产所在地的相关机构，如不动产登记机构等。接到查封通知后，这些机构会在相关系统中予以记录，并通过公告或其他途径通知该房产的所有权人和管理者。

查封将会冻结房产的处置权，即在查封期间，房产所有权人无法将该房产以任何方式出售、转让或抵押。同时，被查封的房产也不能被执行裁定以及其他强制措施限制其自由。

查封的期限一般是根据案件性质、程序进展等具体情况而定，但一般不得超过两年。在查封期间，房产的所有权人可以向法院提起解封申请，如果能够提供充分的证据证明自己对房产的合法权益，则法院有可能会裁定解除查封。

总之，法院对有他项权证的房产进行查封是为了保护当事人的权益和案件的正常进行。虽然查封会对房产的自由流通和处置造成一定的限制，但它是法律程序的一部分，目的是维护社会公平和正义。