法院查封公司是指法院根据相关法律规定，在特定情况下对公司的财产进行限制和冻结的措施。一旦公司被法院查封，将给公司经营活动和利益带来严重影响。那么，当公司被法院查封后，该如何进行补偿呢？

首先，法院查封公司时，应该向公司提供《查封通知书》，明确查封期限、解封条件以及补偿事宜等具体内容。公司可以根据通知书上的要求主动与法院沟通，并配合完成所需的手续。

根据我国相关法律规定，法院查封公司时，通常会给予被查封公司一定的补偿权益。但具体补偿方式与补偿金额则需要根据实际情况和相关法律法规进行确定。

一方面，法院可能会根据查封期间的经济损失，对公司进行相应的经济赔偿。这些经济损失可能包括停工停业造成的利润损失、工资支出、债务利息等。被查封公司可以根据自身损失情况，提供相关证据和材料，与法院进行申诉和协商，争取获得相应的赔偿。

另一方面，法院可能会对被查封公司采取解封措施，以恢复其正常经营状态。这包括解除限制、解冻资产等手续。被查封公司可以根据法院的要求，提供相关证明材料，配合解封程序的顺利进行。

此外，被查封公司还可以寻求法律援助，聘请专业律师代表其合法权益，协助处理查封事宜并争取更好的补偿结果。法律专业人士可以依据相关法律法规和判例，为公司提供合理的建议和辩护，确保公司在补偿过程中能够得到公平待遇。

总之，法院查封公司时，将给公司带来一系列不便和损失。但作为被查封公司，应该及时了解自身权益，并主动与法院沟通和合作，通过合法途径争取补偿，最大程度地减少损失。同时，需要注意遵守法律规定，确保公司的经营活动合法合规，降低再次被查封的风险。