在司法实践中，法院有权对抵押车进行查封。这是因为抵押车属于抵押物，在借款人还清贷款之前，质权人享有对抵押物的优先权。当借款人未按时偿还债务时，质权人可以向法院申请查封抵押车。

首先，法院查封抵押车是依据我国《民事诉讼法》的规定进行的。根据该法第102条的规定，法院可以根据债权人的申请决定查封财产，以保障债权人的合法权益。抵押车作为质权人的担保措施，当借款人违约时，法院有权采取查封措施。

其次，法院查封抵押车的目的是保全抵押物并预防债务人转移、损毁、变卖等行为。一旦车辆被查封，债务人就无法处置该车辆，确保了质权人能够在债务人不支付债务的情况下获得抵押物的价值。同时，法院也会将查封信息登记在公示系统上，以提醒潜在买家和其他利害关系人。

需要强调的是，法院查封抵押车属于一种执法措施。在实施查封前，法院会合法严格审查申请并进行相应的公告程序，确保操作的合法性和公正性。同时，债务人也有权对查封决定提起异议，并向法院提供自己的辩护意见。法院将根据真实情况进行评估，并作出判断。

最后，值得注意的是，法院的查封措施一般只有在借款人违约且债权人提出申请的情况下才会启动。如果债务人能够按时还款或与债权人达成其他解决办法，法院是不会轻易采取查封措施的。

总而言之，法院有权查封抵押车是为了保障质权人的合法权益，维护债权人的利益。这一措施经过合法程序和公示，确保了操作的合法性和公正性。当然，为避免发生查封车辆的情况，借款人应该按时偿还债务，并与债权人保持沟通，以避免发生纠纷。