法院冻结账户是指法院根据相关法律规定，采取措施限制被执行人的财产流动，以确保债权人能够顺利实现自己的合法权益。当法院对某个账户进行冻结时，被执行人将无法自由支配这笔资金，无法进行转账、支付等操作。

那么，当法院冻结账户后，该如何扣除款项呢？

首先，我们需要明确一个概念，即冻结账户和扣除款项是两个不同的概念。冻结账户只是限制了账户的资金流动，而扣除款项则是指法院通过相应程序，将被执行人的款项划拨给债权人。

在冻结账户的状态下，债权人可以向法院申请执行，请求法院将被执行人的款项划拨给自己。法院会依法审理申请，根据案件的具体情况和法律规定，决定是否予以批准。

如果法院决定批准划拨款项给债权人，便会发出相应的执行文书。债权人可以凭借执行文书向银行提出扣款申请。银行收到扣款申请后，将根据执行文书的内容和要求，冻结账户中相应的款项，并进行扣除操作。

在扣除款项时，银行会根据法院的判决或裁定，执行对应金额的划拨。这意味着，被执行人在账户中的款项将被划拨给债权人，用于偿还债务或满足其他法律规定的义务。

需要注意的是，法院冻结账户和扣除款项都属于强制措施，旨在保护债权人的合法权益。因此，在执行过程中，被执行人必须按照法院的要求和程序予以配合，否则可能面临更为严厉的处罚。

总之，当法院冻结账户后，扣除款项的具体操作由债权人向法院申请执行，并通过银行等机构进行实际的扣款。这一过程需要依法进行，确保债权人的合法权益得到保护，同时也给予被执行人必要的合法权利。