法院是否有权冻结农业补贴款，由于其涉及到法律的解释和司法权力的行使，是一个值得深入探讨的问题。

首先，农业补贴款是由政府用于农民改善生产条件、提高农产品质量以及保障农民利益的资金。农业补贴款的发放依据国家法律法规进行，并通过相关部门进行审批和发放。而法院作为司法机构，其主要职责是解决纠纷、维护社会公平正义，对于司法程序中出现的农业补贴款争议，是否具备冻结权呢？

根据我国《中华人民共和国行政诉讼法》第15条的规定，法院可以采取诉前财产保全措施，即对当事人的财产采取冻结措施，以防止被执行的财产转移、隐匿或变更造成无法执行的情况。此规定并未明确列举农业补贴款，但也没有排除农业补贴款的冻结可能。因此，个别法院在农业补贴款存在争议的案件中使用冻结措施，也并非完全无据可寻。

然而，对于法院是否有权冻结农业补贴款的问题，我们还需考虑到几个关键因素。首先是法官的裁量权。根据我国《中华人民共和国民事诉讼法》第228条的规定，对于涉及公共利益的案件，法院在裁量权行使中应当考虑公共利益的维护，并依法合理裁决。因此，冻结农业补贴款的决定应当基于公共利益的需要。

其次是农业补贴款的性质。农业补贴款是为了促进农业生产发展和保障农民利益而设立的资金，其具有一定的特殊性。如果法院过度滥用冻结权力，侵犯了农民合法权益，就可能引发社会不稳定和社会舆论的负面影响。因此，在冻结农业补贴款之前，必须慎重权衡，确保公平公正。

最后是相关法律的规定。我国目前尚未出台针对冻结农业补贴款的明确法律法规。因此，对于法院是否有权冻结农业补贴款的问题，仍需要根据具体案件情况和法官的裁量权来进行判断。

综上所述，法院是否有权冻结农业补贴款，并没有明确的法律规定。在司法实践中，法院可以考虑采取冻结措施，但必须基于公共利益的需要以及对农民合法权益的保护，并在法律框架下进行权衡和裁决。