法院对于在建工程的查封是一个有争议的问题。查封是一种法律手段，旨在保护当事人的权益，并防止财产流失。然而，在建工程的查封涉及诸多复杂因素，需要对各种利益进行权衡和接触。

首先，对于在建工程的查封是否合法，需要考虑法律规定。根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条的规定，法院可以依法查封违法用地、违法建设项目等。因此，如果在建工程存在违法用地或者违法建设行为，法院可以采取查封措施。

其次，法院应该对查封前后的影响进行综合评估。查封在建工程会导致工程停工，给业主、施工单位以及相关利益方带来经济损失。因此，法院需要权衡查封的必要性和影响，并结合具体情况做出判断。

此外，法院还需考虑社会公共利益。在建工程可能涉及环境污染、安全隐患等问题，如果不及时查封，将对公众生命财产安全带来风险。因此，法院需要权衡维护公共利益的需要与保护当事人利益的平衡。

最后，法院在查封在建工程时，应该充分履行相关程序。根据《中华人民共和国拍卖法》第三十一条的规定，查封必须经过法院裁定，并通知被查封财产的所有者。同时，法院还应当在合适的时机解除查封，以减少损失。

总之，法院查封在建工程是一个复杂的问题，需要考虑多方利益的平衡。法院需要在权衡利弊、维护公共利益和保护当事人利益之间谨慎判断，以达到司法公正的目的。