法院是国家的司法机构，拥有一定的执法权力。在处理涉及农村合作医疗保险（简称新农合）的案件时，法院也可以采取查封措施。

新农合是中国农村地区普遍推行的一项医疗保障制度，旨在解决农民医疗费用负担过重的问题。它由政府、农民以及其他相关部门共同组成，共同运营。但是，新农合并不意味着完全免于法律监管。当涉及到违法行为或者纠纷时，法院可以对新农合进行查封。

首先，查封是法院根据法律规定采取的一种措施，目的是保全财产，以防止被查封的财产被侵害、转移或毁损，确保诉讼中当事人的合法权益得到保护。新农合作为一项具备法律效力的保险制度，其资金也属于特定范围内的财产，因此在某些情况下可以被法院查封。

其次，法院查封新农合的前提是案件需要以查封措施来保全当事人的权益。例如，某农村合作医疗互助基金被涉嫌贪污，导致参与新农合的农民无法正常享受医疗保障，这时候法院可以采取查封措施，以防止更多的损失和侵害发生。

最后，需要强调的是，法院可能会查封新农合，但并不意味着完全冻结新农合的运营。法院只是对涉案的资金或财产进行查封，以确保在诉讼过程中当事人的利益得到保护。一旦案件处理完毕，新农合的运营也将恢复正常。

总之，在特定情况下，法院有权对新农合进行查封，以保护相关当事人的利益。但这并不会影响新农合整体的运营和目标，其主要还是为了农民提供医疗保障，并在法律框架内依法运行。