法院查封房屋是一种常见的司法行为，通常是在诉讼过程中或者判决生效后进行的。查封房屋是为了确保相关当事人的权益不受到侵犯，同时也是为了保护社会公共利益的一种手段。

但是，在实际操作中，有时法院查封房屋可能存在违法的情况。那么，法院查封房屋究竟是合法还是违法呢？这取决于具体的情况。

首先，法院查封房屋必须符合法定条件和程序。即法院在查封房屋之前必须经过合法的程序和依法作出决定。如果法院在查封房屋时违反了程序规定，比如没有通知相关当事人、未经法定程序等，那么这种查封行为就是违法的。

其次，法院查封房屋必须有合法的事由和依据。即法院在查封房屋时必须有充分的事实依据和法律依据。如果法院在查封房屋时没有充分的事实依据，比如仅凭猜测或主观臆测，那么这种查封行为也是违法的。

最后，法院查封房屋必须保护相关当事人的合法权益。即法院在查封房屋时必须保证相关当事人的合法权益不受损害。如果法院在查封房屋时损害了相关当事人的合法权益，比如未经审查、滥用查封权等，那么这种查封行为也是违法的。

综上所述，法院查封房屋并非一种绝对合法或绝对违法的行为，而是需要具体情况具体分析。只有在法院查封房屋符合法律规定、程序正当、事实依据充分、维护当事人合法权益的情况下，才能认定为合法的查封行为。