农村商铺在法律上属于房产，根据我国相关法律规定，法院在执行判决时是可以对农村商铺进行查封的。法院可以根据执行案件的具体情况和需要，在依法通知当事人的情况下，对涉案房屋进行查封。

查封是指法院依法对当事人的财产采取暂时保全措施，禁止被查封的财产转让、变卖或以其他方式处理。对于农村商铺的查封，也是为了保障当事人的合法权益，确保执行判决的顺利进行。在进行查封时，法院会依法通知产权人，保护其合法权益，同时确保执行的效果。

然而，需要注意的是，法院对农村商铺的查封也需要符合相关法律规定，不能随意进行。在执行过程中，法院应当严格按照程序操作，避免对当事人的合法权益造成不必要的损害。

总的来说，农村商铺在法院执行过程中是可以被查封的，但是查封应当依法进行，保障当事人的合法权益，确保执行工作的顺利进行。