县法院通常负责处理本地区范围内的法律事务，因此一般来说，县法院只能对本县内的房产进行查封，而不能跨区查封市区的房产。市区的房产通常由市级法院管辖，县法院无权对其进行查封。

但是，在某些特定情况下，县法院也有可能对市区的房产进行查封。例如，当市级法院认为县法院具有查封的必要性，并向其下达相关指令时，县法院有可能被要求对市区的房产进行查封。另外，在法律程序上，县法院在一些情况下也可以向市区法院提出请求，请求对其管辖范围内的房产进行查封。

总的来说，县法院查封市区的房产是有一定限制的，一般情况下并不具备这样的权限。如果市区的房产需要被查封，应当由市级法院或相关部门来进行处理。