承兑汇票是商业活动中常见的一种支付工具，具有一定的法律效力。当涉及到承兑汇票的纠纷时，法院可以根据相关法律规定采取一些措施来保护申请人的合法权益，包括冻结承兑汇票的措施。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，法院可以在民事诉讼中采取保全措施，包括财产保全措施。财产保全是指为确保判决能够执行而采取的一种措施，可以包括查封、扣押、冻结财产等。在承兑汇票纠纷案件中，法院可以根据申请人的请求，冻结被告的财产中的承兑汇票。

冻结承兑汇票的目的是为了确保申请人获得本案的判决执行后能够顺利收回应得的权益。在冻结期间，被告无权处置被冻结的承兑汇票，也不能将其转让给他人。一旦法院作出有利于申请人的判决，冻结的承兑汇票将被执行，以保障申请人的权益。

总之，法院可以在承兑汇票纠纷案件中采取冻结措施，以保护申请人的合法权益。当申请人认为自己的权益受到侵害时，可以向法院提出申请，要求对被告的财产中的承兑汇票进行冻结。