在司法实践中，法院往往会对被告的财产进行查封，以保障原告的合法权益。但是在执行过程中，有时候会涉及到善意第三人的利益，法院又该如何处理呢？

根据我国《民事诉讼法》的规定，对于善意第三人的财产，法院会给予特殊的保护。善意第三人是指在法律规定的查封范围内，但在查封时并不知道或不应当知道被查封的财产的情况下，取得该财产的人。

对于善意第三人的财产，法院一般不予查封或者解除查封。这是因为善意第三人并不是案件的当事人，他们并不应该因为他人的纠纷而蒙受损失。法院会尊重善意第三人的权益，保护他们的合法权益。

但是，对于那些明知或者应当知道被查封的财产情况的第三人，法院则会将其财产纳入查封范围，并予以执行。在这种情况下，法院认为这些第三人是有可能会从中获取利益的，因此不再给予特殊保护。

总的来说，法院在执行查封程序时，会尊重善意第三人的权益，但对于那些明知情况的第三人，则会将其纳入查封范围。这样一来，既保护了第三人的权益，又保障了原告的合法权益。