在我国，法院查封财政专用资金这一问题备受争议。一方面，立法规定财政专用资金具有专款专用的属性，不得挪作他用，保障了部门预算的执行和资金的安全；另一方面，法院又有查封扣押权，旨在保全债权人的利益。在这种情况下，法院能否查封财政专用资金成为一个复杂而棘手的问题。

一些法律专家认为，法院应当依法保护和尊重财政专用资金的性质，不得对其进行查封。因为财政专用资金一般用于政府部门的基本运作和公共服务，查封将直接影响政府的正常运转，给社会带来不利影响。

然而，另一些专家则认为，法院查封财政专用资金是为了保障债权人的权益，是一种必要的手段。尤其是在政府部门违法违约、拒绝执行法院判决的情况下，查封财政专用资金能有效迫使其履行义务，维护法律的尊严和权威。

综上所述，法院能否查封财政专用资金是一个需要权衡各方利益的复杂问题。在实际操作中，法院应根据具体案情和法律规定，谨慎处理，既要保护债权人的合法权益，又要考虑政府部门的正常运作。只有在权利平衡的基础上，才能最大程度地实现法律的公正和效果。