法院查封是指法院依法对被查封人的财产或其他权利采取保全措施，以确保该财产在案件审理期间不被转移、变卖，保障案件胜诉一方的利益。在房产交易中，如果房屋被法院查封，办理房产证将会受到影响。

首先，法院查封房屋会影响购房人的权益，因为被查封的房屋无法正常过户，购房人无法合法享有该房产的所有权。在办理房产证过程中，查封信息会被登记在不动产权证书上，这会影响到购房人未来的房产交易和抵押借款。

其次，法院查封对业主自身也造成了不便。被查封的房屋不能进行装修、出租或转让，业主的正常生活和经济活动也会受到限制。此外，解除法院查封也需要一定的时间和程序，会拖延房产证的办理进度。

因此，遇到法院查封的房屋，对于购房人和业主来说都是一种困扰。在办理房产证时，需要等待法院解除查封后才能继续进行。建议购房人在购房前仔细调查房屋的法律状况，避免陷入法院查封的困境。