当债权人申请向债务人的财产进行拍卖时，法院有权根据特定的情况冻结拍卖款项。法院冻结拍卖款项的理由可以分为以下几种情况：

1. 债权人提出异议：在拍卖过程中，债权人提出异议，质疑拍卖物品的所有权或者拍卖程序的合法性，法院为了保护债务人的权益，会暂时冻结拍卖款项，等待异议问题解决后再释放款项。

2. 涉及其他纠纷：拍卖款项可能涉及其他未解决的纠纷或案件，为了维护各方的利益，法院可能会冻结拍卖款项，以免造成更大的经济损失。

3. 有关联的其他案件：如果债务人在其他案件中也涉及财产或经济纠纷，为了保护整体债权人的权益，法院可能会冻结拍卖款项，等待相关案件的处理结果。

总的来说，法院冻结拍卖款项的目的是为了保护各方的权益，避免因为拍卖款项的释放而造成更大的经济损失。债务人、债权人和其他相关方都应该尊重法院的决定，配合解决问题，最终实现公平公正的交易。