在民事诉讼中，财产冻结是一种常见的措施，旨在确保当事人在诉讼结束后能够执行法院的判决或裁定。而在法院中，负责办理财产冻结的部门通常是执行法官或执行法院。

执行法官是法院中负责执行法律文书的专门人员，他们负责执行法院发布的判决书、裁定书等文书内容。在财产冻结的案件中，执行法官将负责对被执行人的财产进行查封、扣押等措施，以确保被执行人在诉讼结束后能够履行法院的判决或裁定。

另外，执行法院也是负责办理财产冻结的重要部门。执行法院在执行程序中负责执行法官的裁定，对被执行人的财产进行查封、扣押等措施。执行法院的执行员会根据法院的裁定对财产进行冻结，并在执行结束后进行解冻。

综上所述，法院中负责办理财产冻结的部门通常是执行法官或执行法院。他们将根据法律规定，对被执行人的财产进行冻结，以确保诉讼胜诉后能够及时执行法院的判决或裁定。