法院存货查封是一种司法措施，用于确保被执行人在诉讼过程中不会转移、变卖、毁损或者以其他方式处置被执行财产。但是，在实际操作中，法院存货查封也面临着一些困难和挑战。

首先，法院存货查封需要充分的证据证明被执行人拥有被执行财产。如果无法提供足够的证据，法院就无法对财产进行查封。这就需要执行人通过各种渠道收集证据，包括银行流水、购销合同、发票等。

其次，法院存货查封需要考虑到被执行财产的处置问题。有些财产可能是易变现的，比如货物、存款等，但也有一些财产是难以变现的，比如房产、车辆等。对于难以变现的财产，法院就需要考虑如何合理处置，以确保债权人的利益得到保护。

另外，法院存货查封还需要考虑到被执行人可能采取的抵抗手段。有些被执行人可能会转移财产、隐匿财产，甚至采取暴力手段阻止查封。这就需要法院在执行过程中加强监督和管控，确保执行的顺利进行。

综上所述，法院存货查封的难度主要体现在证据获取、财产处置和被执行人抵抗等方面。只有充分考虑这些因素，才能够有效地实施存货查封，保护债权人的利益。