保函保证金是指在民事诉讼中，被告提供的一种担保方式，主要用于保障原告在胜诉后能够顺利执行判决。保函保证金通常由银行或保险公司提供，作为一种第三方担保。

法院可以根据具体情况冻结保函保证金。在民事诉讼中，如果被告提供的保函保证金存在违约行为，或者被告故意拖延执行判决导致原告无法得到应有的赔偿，法院可以根据法律规定对保函保证金进行冻结。这种冻结是为了保护原告的合法权益，确保其能够顺利执行判决。

然而，法院冻结保函保证金的条件和程序都需符合法律规定。通常情况下，法院会根据相关法律规定和当事人的申请，经过审查和审核后做出冻结决定。被冻结的保函保证金会在判决执行结束后解冻，以保障当事人的权益。

总的来说，法院可以冻结保函保证金，但是必须在符合法律规定的情况下进行，并保障各方的合法权益。