当事人甲与乙因一起合同纠纷，向法院申请财产保全，法院依法裁定对乙财产进行保全。然而，在财产保全执行过程中，双方达成了仲裁协议，约定通过仲裁解决纠纷。此时，问题来了，法院已经实施了财产保全措施，仲裁程序是否还能继续进行呢？

根据我国《中华人民共和国仲裁法》的规定，一般情况下，法院审理的民事案件涉及的财产保全措施会生效，即使当事人后来达成了仲裁协议。但是，如果当事人双方向法院提出撤销保全申请，并获得法院同意，那么法院可以对财产保全措施进行解除。

在遇到法院财产保全后又发现仲裁的情况下，当事人可以通过协商一致的方式向法院提出撤销保全申请，解除财产保全措施。这样就可以保证仲裁程序的正常进行。但需要注意的是，撤销保全申请和解除财产保全措施必须经过法院审查确认，才能生效。

总之，在法院财产保全后发现仲裁的情况下，当事人可以通过与对方协商一致，向法院提出撤销保全申请的方式来解除财产保全措施，从而保障仲裁程序的进行。