共有权人是指多个人对同一不动产享有共同所有权的情况，其中每个人对不动产的分享比例、权益等可能不同。在一些特殊情况下，共有权人之间可能发生矛盾，其中一方可能会申请法院查封不动产，以保护自己的权益。那么，共有权人申请法院查封是否合法有效呢？

根据我国相关法律规定，共有权人在确有必要的情况下，是有权申请法院查封不动产的。共有权人之间的矛盾可能涉及到不动产的占有和使用问题，如果一方共有权人发现其他权利人正在侵犯自己的权益，为了保护自己的合法权益，可以向法院提出查封申请。

法院对共有权人的查封申请会进行审查，评估申请是否符合相关法律规定。如果共有权人能够提供能够证明其享有共有权利的证据，并且能够明确地证明自己权益正在遭到侵犯，法院可能会支持其查封申请。

不过，需要注意的是，共有权人申请法院查封不动产的前提是确有必要。在一般情况下，法院不会轻易支持共有权人的查封申请。共有权人之间的争议应该尽量通过协商解决，如果协商无果，可以考虑通过其他合法途径解决争议。

另外，即使法院支持共有权人的查封申请，也需要注意依法申请查封并不意味着权属发生变动。共有权人之间的权益仍然存在，只是为了保护自己的权益，需要暂时限制其他权利人对不动产的使用和处分行为。

总之，共有权人在确有必要的情况下是可以申请法院查封不动产的。但是前提是需要确实存在权益侵犯的情况，并且通过协商等方式解决争议无果的情况下才能提出该申请。合理合法地维护自己的权益是每个共有权人的权利，也是保护不动产市场秩序和权益稳定的需要。