法院冻结财产存单是一种常见的财产冻结手段。财产存单是一种具有特定金额、特定期限的有价证券，持有人可以凭借存单向发行机构兑现相应金额的凭据。那么，法院是否能够通过冻结财产存单的方式来保护债权人的利益呢？

根据我国《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，法院可以依法对被告的财产进行冻结，以确保债权人的合法权益不受损害。财产冻结的对象包括但不限于存款、股权、房产等。而对于财产存单这种特殊的有价证券，法院同样具有冻结权。

财产存单的冻结通常需要债权人向法院提出冻结申请，并提供相关证据证明被告确实持有相应金额的存单。经法院审核确认无误后，法院将发出冻结通知，通知相关银行或金融机构冻结被告名下的财产存单。

需要注意的是，财产存单的冻结并非永久性的，冻结期限一般为一定时限，等债权得以实现或者解除财产冻结令时，法院将解除对存单的冻结。

综上所述，法院是可以通过冻结财产存单的方式来保护债权人的合法权益的。债权人在追讨债务时可以依法向法院申请对被告的存单进行冻结，确保被告无法通过转移、变卖存单等方式逃避债务责任。