法院可以根据相关法律法规对违法公司进行查封。在我国，企业如果违法违规行为严重，影响社会稳定和经济发展，法院有权对其进行查封。

法院查封公司的程序一般是经过法定程序，包括法院受理案件、开庭审理、作出查封决定等。在确定公司违法行为后，法院会依法对其采取查封措施，限制其经营活动。

通过查封违法公司，可以有效防止其继续从事违法活动，保护社会公共利益。同时，法院也会要求公司进行整改，并对其进行相应的处罚，以达到惩罚和警示的作用。

总的来说，法院可以查封违法公司是为了维护社会秩序和公平正义，对于那些不法企业要做出应有的制裁，以维护良好的市场环境。