在我国社会主义法治体系下，法院在处理民事案件时依法保护当事人的合法权益。其中，医保扣款存折作为个人财产，也受到法律的保护。但是，法院能否冻结医保扣款存折呢？

首先，根据我国法律规定，法院可以冻结当事人的财产以确保案件胜诉后能够执行判决。而医保扣款存折作为一种财产，也可能被法院冻结。当然，在冻结医保扣款存折时，法院需要综合考虑当事人的生活需求和基本权益，确保其基本生活不受影响。

此外，医保扣款存折的冻结必须有法律依据，不能随意冻结。在具体操作过程中，法院也需要尊重医保扣款存折的所有权和合法来源，确保不侵犯当事人的合法权益。

综上所述，法院能够冻结医保扣款存折，但必须依法进行，并保障当事人的基本权益。在处理相关案件时，法院需要慎重考虑，避免对当事人的生活造成过大影响。